Nesskip hf. var stofnað sem skipafélag 27. janúar 1974 af hópi áhugamanna um stórflutninga. Fyrsta skip félagsins var keypt 1. febrúar sama ár og hlaut það nafnið Suðurland. Ári seinna var skipinu breytt í kæliskip til flutninga á saltfiski til Miðjarðarhafslanda. Nesskip var að jafnaði með tvö kæliskip í saltfiskflutningum allt til ársins 1997.

Annað skip Nesskipa var keypt 1976 og hlaut það nafnið Vesturland. Skipið var að mestu í mjölflutningum frá Íslandi og flutti byggingavörur til baka. Þriðja skip fyrirtækisins var keypt 1977 og hlaut nafnið Ísnes. Fjórða skipið var síðan keypt árið 1979 og hlaut nafnið Selnes. Bæði voru þessi skip sérhæfð stórflutningaskip.

Með tilkomu Járnblendifélagsins á Grundartanga árið 1978 jukust umsvif Nesskipa verulega eftir að fyrirtækið tók að sér flutninga Járnblendifélagsins. Samstarfið við Járnblendifélagið hefur alla tíð gengið vel og sér Nesskip enn í dag um þá flutninga að mestu leiti.

Fimmta skip Nesskipa var keypt vorið 1981 og var gefið nafnið Akranes. Burðargeta þess skips var um 7.500 tonn og var skipið þá stærsta flutningaskipið í eigu Íslendinga. Í framhaldinu jukust flutningar Nesskipa milli hafna erlendis mikið og er Akranesið eina skipið sem borið hefur íslenskan fána í skut umhverfis hnöttinn árið 1985.

Árið 2006 keypti samstarfsaðili Nesskipa um áratuga skeið, norska skipafélagið Wilson EuroCarriers meirihluta hlutafjár í Nesskipum. Í framhaldi af þessum kaupum voru skip Nesskipa alfarið færð inn í flota norska félagsins sem telur yfir eitt hundrað skip. Eignarhlutur Wilson í Nesskipum er nú yfir 90%. 

Vikur-, salt-, fiskimjöls- og lýsisflutningar hafa verið stór þáttur í starfsemi Nesskipa allt frá upphafi. Útflutningur brotamálma hefur aukist undanfarin ár ásamt flutningum á áli og anóðum.

Starfsemi Nesskipa hefur aukist jafnt og þétt síðustu ár þar sem skipamiðlun og umboðsþjónusta við skip hefur jafnframt flutningastarfseminni verið vaxandi þáttur í umsvifum félagsins. Starfsmenn Nesskipa eru nú átta talsins.